Es el porcentaje que paga el comercio que dispone del terminal de punto de venta a la entidad que se lo instala por el servicio que le presta. Varía en función de si el terminal pertenece a la misma red emisora de la tarjeta (Sistema 4B, Euro 6000 o Servired) o no, y en función del tipo de comercio (siendo las saunas, salas de masaje, discotecas y joyerías las que más alta tienen su comisión de intercambio -cerca del 3%- y las grandes superficies, tiendas de alimentación y gasolineras las que menos pagan -menos del 0,7%-).

Esta comisión viene dada en función de las tarifas de las comisiones de intercambio, aunque son fruto de la negociación bilateral entre la red que coloca el terminal de punto de venta y el establecimiento comercial. Pero resulta que la diferencia entre la comisión de intercambio y la de descuento es el único ingreso que obtienen las redes de terminales de punto de venta (o sea, las redes de cajeros) del pago con tarjetas en establecimientos comerciales. Así que, siendo este su único margen de beneficio, negocian las tasas de descuento en función de lo que tengan ellas que pagar como comisión de intercambio.

Realmente, hay que decir que no es éste su único margen de beneficio, porque también cobran a los comercios una comisión de mantenimiento del servicio de unos treinta euros al año.